A continuación se presentan los principales protocolos para hacer seguimiento y monitoreo a la biodiversidad:

• Manual de métodos para el desarrollo de inventarios de biodiversidad
• Protocolo para la Revisión y Evaluación de Planes de Manejo Forestal
• Protocolo para Seguimiento y Control a los Aprovechamientos Forestales en Bosque Natural
• Protocolo para Seguimiento y Control a la Movilización de Productos Maderables y Productos no Maderables del Bosque
• Protocolo para el Seguimiento y Control a Industrias y Empresas de Transformación o Comercialización de Productos Forestales
• Protocolo para la realización de mapas de zonificación de riesgos a incendios de la cobertura vegetal, escala 1:100.000
• Protocolo para la estimación Nacional-Subnacional de Biomasa- Carbono en Colombia
• Protocolo Nacional Procesamiento Digital de Imágenes para cuantificación de la Deforestación en Colombia
• Protocolo de Procesamiento Digital de Imágenes para cuantificación de la Deforestación nivel Subnacional.